我国现行司法鉴定制度存在缺陷及其完善。

(一)吸引专业人才，确保司法鉴定的准确性。

在医疗纠纷方面，司法鉴定工作专业性强，对司法鉴定机构技术要求较高，随着基础医学的发展，新的检查技术和新的治疗方法在临床上的广泛应用，其特点是分科细致，因此，必须尽快更新司法鉴定人员的知识储备，以适应医疗纠纷司法鉴定的需要。当前司法鉴定部门进行司法鉴定的是司法机关或高等院校司法鉴定人员，这些人员均缺乏实际工作经验，需要完善司法鉴定体系，主动储备相关专业人才，司法鉴定应选用权威专家，同时建立完善的鉴定程序，确保司法鉴定结果的准确性。

(二)建立标准体系，保障司法鉴定公正。

在医疗纠纷中，赔偿限额普遍较高，无论是人身损害赔偿还是医疗事故赔偿，都有相当数量的经济补偿，市场经济体制下，为了追求经济利益，许多社会鉴定机构和个人鉴定机构纷纷渗透到司法鉴定部门，司法部门鉴定人员的技术水平参差不齐，没有职业道德的鉴定人可能作出不公正的鉴定结果，有损于医生或病人的利益。要建立健全的司法鉴定体系，必须建立严格的准入制度，形成完整的行业规范和制度规范，法官要定期进行考核，在有效期内对鉴定人的资格进行复审，不然，就无法在法律意义上给出司法鉴定以保障司法鉴定的公正。

(三)统一鉴定程序，确保司法鉴定的独立性。

由于二元制鉴定在短期内仍将继续存在，司法鉴定不能完全替代医学鉴定，但为了避免多次鉴定、重复鉴定等现象的发生，造成了司法资源的浪费，司法鉴定制度应建立统一的鉴定程序。为此，应使鉴定机构的鉴定过程具有高度的透明性，并向医患双方当事人开放，当事人有权选择自己认为可靠的鉴定人进行司法鉴定，并对其结果负责并接受出庭质询。法庭对各鉴定部门及鉴定结果拥有最终司法审查权，需要审查鉴定机构的鉴定能力、鉴定机构和个人是否有独立鉴定权、程序是否合法等，以确保鉴定结果的独立性。

目前，由于医疗纠纷的特殊性和复杂性，在医疗证据保全方面还缺乏相关法律的具体规定，司法鉴定过程中也没有完善的运行机制来保障医疗损害，给法院审理医疗诉讼案件带来一定的难度，医疗纠纷案件的调解也是一个难题。医学证据的保存与司法鉴定结论相互补充，在医疗诉讼案件中具有重要意义。在医疗纠纷中如何保全证据，能够使医疗机构日常诊疗规范化，避免医疗纠纷，健全的司法鉴定体系能与充足的鉴定材料相结合，以准确、公正、独立的司法鉴定，维护医患双方的利益。