1.事业单位内部控制存在的问题。
1.1对内控重视不够。
大多数公共机构从领导到员工对内部控制的重要性没有充分的了解，而是将建立内部控制制度作为完成上级部门和财政部门安排的工作。在制定之前，业务流程没有得到充分的梳理和讨论和研究。制定后，没有组织实施，内部控制很难控制经济业务活动。
1.2内控治理结构不完善。
目前，大多数公共机构没有单独设立内部控制职能部门或专门设立内部控制领导工作组，负责内部控制制度的建立、实施和监督的组织和实施，而是指定财务部门负责所有的内部控制工作。受人力、物力、权威和组织协调能力的影响，财务部门难以制定完整、全面、可行的内部控制制度，更不用说监督检查实施过程了。
1.3内控管理内容不全面。
目前，大多数公共机构的内部控制体系只针对财务收支活动，属于相对狭窄的资本管理小内部控制，不包括各种经济业务活动，不形成完整、全面的内部控制，可以发挥合理的内部控制，确保单位经济业务活动合法合规，资产安全使用有效，财务信息真实完整，有效防止欺诈和腐败，提高公共服务效率和内部控制体系的效果目标。
1.4内控评价监督体系不完善。
这反映在评价监督周期、人员是否形成评价结论以及结论反馈的应用上。目前，大多数机构尚未确定内部控制评价监督周期，定期设立相关岗位或配备专人，全面、详细地评价和监督内部控制设计和实施的有效性。虽然部分机构实施了内部控制评价监督，但尚未形成评价结论，出具评价报告，为改进和完善内部控制管理提供参考依据。
2.政府会计制度改革对事业单位内部控制建设的影响。
一是提高会计信息会计质量，增加会计报告的横向可比性，促进单位更加重视内部控制建设，缓解公众监督的压力。改革前，机构会计制度并存，制度复杂，内容交叉，会计口径不统一，导致不同部门、不同行业机构会计信息可比性不高，会计报告用户难以横向使用。该单位对财务信息披露的压力不大，因此不重视内部控制建设。2017年10月24日，财政部发布了《政府会计制度-行政机构会计科目报表》（会计[2017]25号），自2019年1月1日起实施。新制度统一了各行业、各领域机构的会计制度，增加了共同业务和事项，并对类似业务作出了相同的处理规定。这提高了会计信息会计质量，使各行业事业单位的财务报告具有横向可比性。在预算和决算披露的背景下，财务报告将接受公众的监督和比较，迫使单位更加重视内部控制建设，通过加强内部控制建设，提高资金使用效率，缓解公众监督的压力。二是权责发生制的会计基础将收支与会计期间相匹配，促进单位更加重视内部控制建设，通过财务会计监督业务的实施，促进行业与财务的融合。旧制度的收付实现制度只有在现金流入和流出后才会进行会计核算。许多单位的业务人员签订了收付合同，没有及时通知财务人员，导致收支较少或记账不及时。改革后，要求在取得收款权和支付义务时进行会计核算。这就要求单位更加重视合同管理、基础设施管理、资产管理和资金管理等与财务会计密切相关的内部控制建设，通过梳理业务流程，明确岗位责任制，加强授权审批控制方法，加强业务与财务沟通，通过财务会计监督业务实施，使财务职能从事后反馈到事前控制，达到规范经济业务合法性和合规性，促进产业与财务融合的目的。第三，实际折旧会计方法将折旧成本转化为折旧成本，促使单位更加重视内部控制建设，优化资产配置，提高资产使用效率。在旧制度下，固定资产计提折旧减少基金。这种虚假折旧方法不影响当前成本，导致许多单位习惯于积极购买资产，在资产配置中占用更多。新制度要求固定资产折旧记录成本，这意味着占用更多的资产成本，影响单位年终考核和绩效考核，使单位必须改变管理理念，从只关注收支管理到更加关注资产管理，建立和完善资产管理体系，加强资产内部控制，通过调整不再购买，优化资产配置，提高资产使用效率。第四，成本概念的引入反映了当前成本的实际运营成本，促进了单位关注内部控制建设，降低了公共服务的运营成本和绩效成本，提高了公共服务的效率和效果。在旧制度下，只计算收入和支出，收入和支出不符合所属期间的比例。许多单位都是跨期支出，甚至是跨年支出，导致资金使用混乱和浪费，不能反映公共机构的年度实际运营成本。新制度引入了成本概念，要求收入和支出在权利和义务所属期间计算，公共服务的运营成本和履行成本更加准确。这迫使单位负责人增强责任感，不断加强内部控制建设，通过各种控制手段规范业务流程和资金使用，降低运营和绩效成本，提高公共服务的效率和效果。第五，双基础、双功能、双报告模式提高了财务人员的业务能力要求，促进了单位更加重视内部控制建设，加强了人才培训。在旧制度下，财务人员注重会计工作，对业务能力和专业质量要求不高。新制度采用双基础、双功能、双报告的会计模式。预算会计平行记账和财务报告和财务报告。这就要求单位更加注重内部控制，注重人才培训，特别是财务人员的教育和评估，提高专业技术水平，从会计职能转向管理职能。单位可以通过培训、学习、轮换沟通等方式，使人才能够接受专业技能的继续教育，提高专业能力，通过完善内部控制方法，真实、准确、完整地反映两种会计模式下的财务状况和预算实施情况。
